第三次世界大戦に巻き込まれ崩壊したとされているが、現在もこのグリフォニクス内に潜伏し存在している。
少女の力を利用し真の理想郷を創るのが目的で、グリフォニクスを使い人類の選別を行っている。
中層より、ふさわしき人間は上層へ、ふさわしくない人間は下層へ。
社長の意向により、元は殺害を行うことで処分してきた下層の人間らを、代わりに薬漬けにすることで社長自らが最終的な選別を下層で行えるようにしている。
計画の最終段階に必要な蒼穹の少女、彼女の神ともいえる力を使って最終的にはグリフォニクスを崩壊、ふさわしくなかった人間らの処分、新理想郷の創造をするつもり。
その少女が何者かによって首輪を外され逃げ出した今、計画は停滞せざるをえない状況になっている。

ETHER社の存在を認知し、対抗することを目的として創られた秘密結社。
そのリーダーはグリフォニクスAIでもあるベアトリクス・ディ・ノヴァ―ラ。
かつてETHER社の研究者であり研究のためにおそらく最も犠牲者を出したであろう彼女のオリジナルが、死にかけの最後に生まれ変わるならと改心し願った世界平和を実現するべく、500年前より活動を続ける。
少女を逃がすことに成功したのもこの組織であり、基本的に何者にも認知されずにETHER社や他の魔の手から少女を護ることを主な活動としている。

その本来の姿はただの少年。
蒼穹の少女の隷属が難しいと判断したETHER社が、同技術を使い本来蒼穹の少女しか作れないEPを永遠に製造し続ける機械として創り上げたものがこれ。
その元となった少年の名はグリフォニクス・ディ・ノヴァ―ラ。
現在はグリフォニクスAiとして感情を持たず、定められたルールにのっとってグリフォニクスを運営し続ける存在。
グリフォニクスの床や壁がまるで生きているように変化することがあるのはそのせい。

一言でいうならこの世界その者。
彼女の力を説明するにはこの世界がどういう物なのかから。
この世界は人類やこの世界に生きる生物にとっては我々と同じような景色が広がるが、上位存在の使用する数字のようなものを並べて、あらゆるものをそのデータに落とし込んで作っている世界なのである。
本来干渉も認知もできないそれをもし書き換えることや上書きすることができたのならば、本来起こりえない魔法のような現象を起こすことができる。
少女はそれが可能である。
その数字を見ることはできないが、我々が息をするのと同じ感覚で世界の数字に干渉し自由自在に書き換えることができる。
ベアトリクスオリジナルはcode:■と呼ばれる箱を偶然にも手にしたことからこの少女を造ることができた。
少女は本来何にも縛られず世界を弄り回せるのだが、ある二つの物質を作ったことにより上位存在に咎められて今はその力を多く封じられている。
その二つの物質がエーテル粒子と暗黒鉱石。
エーテル粒子はさまざな世界の数字を使った信号により、世界の数字に干渉する力を持つ。つまりは少女の力を誰でも使えるようにした代物である。
暗黒鉱石はエーテル粒子産エネルギーを浴びせることでそれとは別のブラックエネルギーという物を生み出す。
そのブラックエネルギーは少女の願いに応じて世界を創り変えていく力がある。
世界に干渉し書き換えるのは同様ながら、そもそもの世界の枠組みすら変えることができる大変危険なものである。

500年前に第三次世界大戦と上位存在の襲来により生物が存命できるような状況ではなくなった外界は、ブラックエネルギーの影響を受けてファンタジー世界を思わせるような異常な大自然の広がる世界へと変化していっている。ブラックエネルギーは世界に充満するエーテル粒子と混ざり合ってそのうち魔素と呼ばれるものに変化していくだろう。
人類は外界で滅んだには滅んだのだが、それとは別の存在。亜人種や魔女という存在になって生き残った者らも少数ではあるが存在する。
地球は丸くもなく、世界は宇宙でもなくなった。大きな大きな円盤の端は、世界の外へと落ちるような平たい世界となってしまった。

この世界が蒼穹の未来よりはるか先、5億年以上続いたファンタジー世界に終止符を打ち、そのほぼすべてを滅ぼしたとある存在が君臨する未来があるが、それはまた別のお話。